Wie kaum ein anderer Künstler, setze Penck sich mit der deutschen Teilung auseinander. Er thematisierte die Konflikte und Widersprüche beider politischer Systeme in einer in Anlehnung an prähistorische Höhlenmalerei entwickelten Bildsprache, die auch sein Interesse an Kybernetik, Zeichensystemen und Informationsbegriffen spiegelt. Aus einer anfangs noch figürlichen Malerei entwickelten sich Anfang der 1960er Jahre schmale Strichfiguren, Symbole, Chiffren und abstrakte Zeichen. In seinen Welt- und Systembildern nutzte er diese zur bildhaften Repräsentation komplexer politischer und gesellschaftlicher Situationen.

Pencks Werk Go Go Gorbatschow steht emblematisch für seine Thematisierung des geschichtlichen Moments aufkeimender Hoffnung im geteilten Deutschland angesichts von Glasnost und Perestroika in der Sowjetunion, dem er eine individuelle künstlerische Form gab. 

Er hatte eine Professur in Düsseldorf, war mehrfacher documenta-Teilnehmer, bespielte den deutschen Pavillon in Venedig und hatte große Einzelausstellungen weltweit. Zuletzt lebte A.R. Penck in Irland.